婚姻登记机关撤销婚姻程序有：
1、申请，婚姻登记机关指导当事人填写撤销婚姻申请书，进行审查；
2、审查，审查通过的进行报批，符合撤销条件的，民政部门应当在7个工作日内给予批准，并印发撤销决定；
3、公告，婚姻登记机关将撤销决定送达当事人双方，并公告，同时宣告该婚姻证作废并收回。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条
有下列情形之一的，婚姻无效：
（一）重婚；
（二）有禁止结婚的亲属关系；
（三）未到法定婚龄。
第一千零五十二条
因胁迫结婚的，受胁迫的一方可以向人民法院请求撤销婚姻。
请求撤销婚姻的，应当自胁迫行为终止之日起一年内提出。
被非法限制人身自由的当事人请求撤销婚姻的，应当自恢复人身自由之日起一年内提出。
第一千零五十三条
一方患有重大疾病的，应当在结婚登记前如实告知另一方；不如实告知的，另一方可以向人民法院请求撤销婚姻。
请求撤销婚姻的，应当自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内提出。
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